اگر بین هر کاراکتر یه , بزارید خیلی راحتر میشه کارتون ! کد زیرو ببینید توسط Split چک میکنه !

string one ="a,b,c,d,e";
string two ="b,e";
string except = string.Join(",",one.Split(',').Except(two.Split(',')).ToArray());
Console.WriteLine (except);