این ها تفاوت های دو نوع پروژه فوق است:

درباره Web Site:

    در این نوع پروژه کلاس ها الزاما باید در فولدر app_code باشند، وگرنه در صفحات قابل استفاده نیستند.
    در Web Site فایل Designer Generated Code یا .aspx.designer.cs وجود نداره و صفحه برای اینکه بدونه چه کنترل هایی رو درون خودش داره مجبوره به تعریفات درون Markup تکیه کنه. در این حالت وقتی تعداد کنترل ها در صفحه از یک حدی بیشتر میشه خیلی از وقت ها در Code Behind خطایی میگیره مبنی بر اینکه فلان کنترل وجود نداره، در حالی که در Designer اون کنترل رو می بینیم.
    در مدل Web Site اسمبلی اصلی ای که حاوی کد همه کلاس ها و Code Behind باشه وجود نداره و مبنا بر Dynamic Compile است و شما برای اینکه سایت ات کار کنه میبایست سورس پروژه هم رو روی هاست آپلود کنی. مگر اینکه پروژه رو Publish کنی و با استفاده از ابزارهای Web Application Pre-Compiling کلیه کدها رو در یک اسمبلی واحد قرار دهید.
    در مدل وب سایت هر فایلی که در فولدر پروژه (حتی از طریق Windows Explorer) کپی شود به طور خودکار عضوی از پروژه میشه. وجود فایل هایی متعدد این چنینی در پروژه، که حاوی کد نیستند مدت زمان کامپایل پروژه رو شدیدا بالا میبره.
    به نظر من مدل Web Site برای مبتدی ها ساخته شده و بیشتر موارد برای تامین راحتی و سادگی کار برای اونها در نظر گرفته شده. اما مسائلی که ذکر شد در پروژه های حرفه ای دست و پاگیر هستند.

درباره Web Application:
مشکلات فوق هیچ کدام در نوع پروژه Web Application وجود نداره.