برای این کار بهتره موقع آپلود فایل ، فایل خود را زیپ شده در سرور ذخیره کنید ! کد زیر میتونه کمکتون کنه هر فایلی بهش میدید به صورت زیپ ذخیره میکنه در سرور

using System;
using System.IO;
using Ionic.Zip;

 // insert files in folder
protected void btnUpload_Click(object sender, EventArgs e)
{
if(fileUpload1.HasFile)
{
string filename = Path.GetFileName(fileUpload1.PostedFile.FileName);
string path = Server.MapPath("~/SampleFiles/" + filename);
fileUpload1.SaveAs(path);
lbltxt.Text = "File Uploaded Successfully";
}
}
// Zip all files from folder
protected void btnZip_Click(object sender, EventArgs e)
{
string path = Server.MapPath("~/SampleFiles/");
string[] filenames = Directory.GetFiles(path);
using (ZipFile zip = new ZipFile())
{
zip.AddFiles(filenames,"files");
zip.Save(Server.MapPath("~/samplefiles.zip"));
lbltxt.Text = "ZIP File Created Successfully";
}
}