با سلام 
به این خاطر که بسیاری از کد های جاوااسکریپت با ID کنترل ها کار می کنند ، و هنگامی که شما از مستر پیج و nested مسترپیج استفاده می کنید ، Element درون صفحه فرزند از دو صفحه بالاتر از خودش ID می گیره و این باعث می شه Script ها به درستی لود نشه برای حل این مشکل باید به Elemnt های درون صفحه با ClientID شناسه اختصاص بدید.
علت دیگه ای که ممکن هست داشته باشه اینه که در چند صفحه Script ها را قرار داده باشید و حالا هنگام Generate شدن صفحه این اسکریپت ها Override بشند و این باعث میشه تا درست اجرا نشه.